Dificilmente, será possível obter resposta a todas as tuas questões (por serem muitas 
) num único tópico. O ideal será, futuramente, colocares em outros tópicos após teres definido o que por agora deverá ser provavelmente a tua maior “encruzilhada”: Cabo, rádio ou ambos. Podendo, desde já, ficares com a garantia que tudo o que tens ideia é possível ser feito de qualquer uma das formas.
Em termos gerais, para uma remodelação da dimensão que estás a identificar e que irá envolver obras ao nível da instalação elétrica e de rede, acho que deves equacionar uma solução por cabo (como o knx). As soluções que envolvem equipamentos a ser controlados por rádio (wifi, blt, zigbee,… ), na minha opinião, servem só como solução secundária / acessória / complementar a uma instalação primária feita por cabo, caso o orçamento e o nível de intervenção assim o permita.
No que respeita ao descrito acima recomendo a leitura dos seguintes:
Para medição de consumos, tens várias soluções. Contudo seria importante saber se vais ter corrente trifásica (visto teres falado numa bomba de calor).
Relativamente a cabo de rede estruturada o ideal seria CAT6.
Dependendo do SO que estás a utilizar, qualquer sw de virtualização (ex: virtual box para windows) e uma VM, serve. Podes seguir o tutorial do Proxmox na parte da criação da VM.
Relativamente ao KNX, a diferença que existe, muito resumidamente, para os equipamentos controlados sem fio como wifi/blt/zigbee/zwave/… é a comunicação ser feita por cabo e como tal muito mais segura, robusta, fiável, … Em resumo, muito superior.
A titulo de resumo, acredito que uma solução mista (com base em cabo por knx e devices wifi, zigbee,…), será o ideal.